2006年，是万山新型农村合作医疗工作的启动年。财政投入20万元作为新型农村合作医疗工作启动资金，组建特区农村合作医疗工作机构；出台了《农村合作医疗基金管理制度》、《医疗审核工作制度》、《审计监督制度》等，切实做到“收、支、管”三权分离，把农村合作医疗资金纳入特区年初审计范围，实行特区、乡、村三级公示制。

    万山特区政府加快了方便参合农民就医、报账和监督管理的步伐。2007年将农村合作医疗家庭账户的实际金额由10元调增至15元，扩大群众受益面。制定出台了《新农村合作医疗慢性病管理办法》，对糖尿病、高血压、慢性肾炎、脑血管后遗症等6种特殊病人按“三定原则”，实行门诊医疗费用补偿的标准报账，减轻慢性病患者长期门诊治疗的经济负担，提高参合农民的积极性。同时，将整个矿区社区7000余名无业居民和下岗职工全部纳入新型农村合作医疗参合范围，成功推行社区困难居民和农民合作医疗“一体化”的实践。

    为方便参合对象就近报销和外出就医，万山特区出台了《新型农村合作医疗补助及农村医疗救助实施办法》，取消了就医转诊的繁琐手续，分别在各乡镇设置了新型农村合作医疗管理站，为参保对象提供“一站式”服务，并规定参保农民可以在全国范围内任意选择非盈利性公办医院就医。对农村独生子女户、二女结扎户、五保户、特困户、军烈属、残疾特困户等特殊群体的参保难题，一律由特区民政部门给予救助解决。同时，患大病的特殊困难户还可向民政部门申请大病医疗救助。目前万山特区已发放大病救助金15万多元。

    据有关数据显示：万山特区到2007年底受益人数达29305人次，共计报销医药费203.53万元。参合农民受益面达65.02%。