我国生态农业建设由生态农业户、生态农业村、直到生态农业县，乃至生态农业地区（市）。整个发展过程的大量事实表明：生态农业是由生态农业技术体系、生态农业经济体系等综合集成起来，涵盖自然系统、经济系统和社会系统在内的，一个复合的自然—经济—社会的复杂系统。有些地方仅把生态农业建设视为一般的农业技 术推广工作，结果遇到困难，往往是半途而废。只有深刻认识生态农业的系统性质，才能搞好这一项庞大的系统工程，切实把农业引上生态合理、经济合算的正确轨道。
　　我国农业已经历了古代农业、传统农业的长期演化过程，正处在向现代农业转变之中。我国为寻找既顺应当代发展潮流，又符合国情的实现农业现代化的具体途径，进行了多方面的探索。其中，由农民群众创造、经科技工作者总结提高、受政府倡导支持的生态农业，由于其功能可满足经济系统和生态系统的需要，其结构能涵盖农业现代化建设的各个层面，已成为我国农业系统演化进入新阶段的标志。
　　当前我国农业肩负着通过改革、开放与发展实现向社会主义市场经济转变，以及通过加强生态建设、治理环境污染，在祖国大地上再造山川秀美的生态环境的双重任务。这就要求农业系统应该具有既能满足国际、国内市场经济系统要求，又能满足生态系统要求的功能。显然，只有生态农业才具备上述功能。
　　生态农业系统是一个具有自然、经济、社会等多重性质、多层次、多侧面的复杂巨系统。只有全面处理好上述方方面面的关系，才能实现生态农业系统的功能。
　　首先，要调整好作为生态农业自然物质基础的生态系统结构。即，调整好生产者（植物），消费者（动物）和分解者（微生物）彼此之间以及它们和生态环境之间的关系。当前生态农业建设中的一个突出问题是：生产者（植物）生产、经营的产业化已有长期历史，消费者（动物）生产、经营的产业化也已迅速发展，唯一的短腿是分解者（微生物）生产、经营的产业化才刚刚起步。三者之间的这种不平衡，不仅影响到彼此之间的关系，而且严重地危害到它们与生态环境的关系。因此，要把这个问题摆到关系生态农业建设全局的重大战略地位上，认真地研究探索解决问题的有效途径。
　　其次，要构筑并逐步改进生态农业技术体系。要充分认识生态农业及其技术体系的系统性质，不仅要使每个技术单元符合生态学、生态经济学和系统工程的要求，而且要按照生态合理、经济合算的要求，把涉及的有关一切技术单元逐步组成一个日趋完整的生态农业技术体系，最大限度地提高生态农业技术体系的经济效益。
　　第三，要通过深化经济、科技和教育的体制改革、扩大开放，建立与完善生态农业经济体系。
　　第四，要逐步建立和健全能够有效地调节和规范与生态农业建设有关的一切行为主体的管理制度、法规以及政策体系，妥善处理生态农业建设中的各种矛盾，充分调动一切有关成员建设生态农业的积极性。
　　最后，要在深入实际，潜心研究的基础上，在辩证唯物主义世界观、方法论和认识论的前提下，遵循解放思想、实事求是的思想路线，在反复实践，反复探讨的基础上进行理论创新，以便克服长期以来生态农业建设中理论远远落后于实际的状况，充分发挥生态农业建设理论对于实践的指导作用。